سید محمد خاتمى، رئیس دولت اصلاحات در جمع مشاوران خود و در واکنش به فضاى سیاسی و رسانه‌ای ایجاد شده نسبت به فهرست پیشنهادى پزشکیان به مجلس خواستار درک موقعیت پیچیده و خطیر کنونی و برخورد واقع‌بینانه و مبتنی بر اطلاعات درست و انصاف در قبال آنچه که رخ داده و رخ خواهد داد شد.
به گزارش اسپادانا خبر و به نقل از جماران، وی خواست که همه به رئیس جمهور محترم در انجام وظایف سنگینی که دارد و عمل کردن به خواست ملت و قول‌هایی که داده است یاری رسانند.
رئیس دولت اصلاحات تأکید کرد:
انتخاب اعضاء هیئت دولت در مجموع روند قابل فهم و طبیعى داشته است. طبعاً هر کار تازه‌ای ممکن است اشکالاتی داشته باشد و این امر نباید موجب ارزیابی‌های شتابزده و نومیدى شود و نباید از موضع حمایت رئیس جمهوری که هنوز کار خود را شروع نکرده است به وادی انتقاد سخت و مخالفت افتاد.
سیدمحمد خاتمى واکنش‌های تند را بعضاً متأثر از نارضایتی‌های انباشته شده جامعه و توقعات برآمده از انتخابات و بعضاً ناشی از برخی پیش‌داوری‌ها و ذهنیت‌هاى نادرست و بى‌اطلاعی از فرایند انتخاب دانست و افزود:
«ما هم ضمن تأیید انتخاب‌های خوبی که شده است بر این باوریم که در بعضی موارد می شد خیلی بهتر عمل کرد ولی به جناب پزشکیان احترام می‌گذاریم و ایشان را صاحب حق در انتخاب همکارانشان می‌دانیم و از ایشان انتظار معجزه در هر شرایطی نداریم. طبعاً علاقه‌مند و خواستار آن هستیم که به وعده‌هایى که داده‌اند پای‌بند باشند و ان‌شاءالله چنین خواهد شد. وقتى ایشان مى‌گوید طرح نور، طرح سیاهى است، طبعاً جلوى آن خواهد ایستاد. وقتی آنچه را بر جامعه دانشگاهى و فرهیخته می‌گذرد نمی‌پسندد، می‌کوشد آنچه درست است و مورد پسند آنان است عملی شود. وقتی از تحقیر هنرمندان و توهین و جفا به آن‌ها (که بسیاری از آن‌ها از خود نهادهای رسمی فرهنگی بوده است نه نهادهای امنیتی) رنج می‌برد با آن مخالفت خواهد کرد. ایشان پای‌بند به قول و نظر خود مبنی بر رابطه و تعامل بر اساس مصالح ملی با دنیا و رفع تحریم‌هاست و نیز به اصلاح در عرصه اقتصادی به‌خصوص آنچه به معیشت و بهداشت و امنیت مردم مربوط می‌شود و به توسعه توأم با عدالت می‌انجامد باور دارد، لذا در عمل هم پای‌بند خواهد بود و این‌ها خواست‌هایی است که باید از ایشان داشت. دولت وفاق ملى و وحدت هم رویکرد خوبی است ولی ۵۰ درصدی که در انتخابات شرکت نکردند و چندین میلیون نفری که عمدتاً از ترس این‌که زمام امور به‌دست جریانی نا‌مطلوب برای مصالح ملی و امنیت و توسعه کشور بیفتد، به ایشان رأى دادند باید در امر وفاق و وحدت موردِ نظرِ جدّی باشند؛ نه فقط گروه‌ها و جریان‌های خاصی که پایگاه محدودی در متن جامعه دارند. وفاق ملی، ائتلاف سیاسی نیست، توجه همگانی به خواست ملت، برای تغییر و اصلاح امور است. برای پیش‌برد آن حاکمیت و همه جریان‌های سیاسی باید عملاً از این راهبرد حمایت کنند. اصلاح‌طلبان و همه خیرخواهان کشور و ملت نباید مواضع اصولى خود را برای اصلاح رویه‌های غلط حکمرانی از یاد ببرند و باید نگاه انتقادى و البته خیرخواهانه‌ی خود را نسبت به دولت داشته باشند ولی از هر برخورد هیجانى و غیرمنصفانه و شتابزده با مسائل که ناشی از اتکاء به داده‌های نادرست و یا ناتمام و ذهنیت‌ها و قضاوت‌های پیشینی و عدم توجه به پیچیدگی‌های امور و آینده‌نگری است خودداری کنند. راه اصلاح راه دراز و پرفرازونشیبی است و هرگامی که در این راه برداشته شود مغتنم است.